In 2012 behaalde Aernout Zuiderbaan zijn artsexamen aan de Vrije Universiteit van Amsterdam. Het jaar daarop werkte hij voor het Hospital for Special Surgery in New York; ’s werelds grootste orthopedische ziekenhuis. Daar verrichtte hij wetenschappelijk onderzoek naar robot gestuurde knieprothesiologie en voorste kruisband rupturen samen met de internationaal bekende kniechirurg dr. A.D. Pearle. Dit heeft onder andere geleid tot de promotie van dr Zuiderbaan over robot gestuurde knieprothesiologie.

In het Spaarne Gasthuis, de Noordwest Ziekenhuisgroep en het Universitair Medisch Centrum Utrecht werd Aernout Zuiderbaan van 2014 tot en met 2019 opgeleid tot orthopedisch chirurg. Om zich volledig toe te leggen op de kniechirurgie voltooide hij vervolgens een tweetal fellowships in dit deelgebied van de orthopedie. Het eerste fellowship was gericht op de complexe knie prothesiologie in de Noordwest Ziekenhuisgroep te Alkmaar. Het tweede fellowship was gericht op de behandeling van knieletsels bij topsporters. Deze ervaring deed hij op onder leiding van de internationaal gerenommeerde sportchirurg dr. Andy Williams in de Fortius Clinic te Londen, waar de spelers van Chelsea Football Club en andere Engelse Premier League clubs worden behandeld.

Sinds 2020 is dr. Zuiderbaan werkzaam als orthopedisch chirurg in Medische Kliniek Velsen. Binnen het team van 4 orthopedisch chirurgen richt hij zich volledig op de kniechirurgie. Hij behandelt zowel (top)sporters met letsels van de knie als patiënten met slijtage van de knie.